这是近年来很多创业者深思熟虑的问题，从三个方面来看，深圳和东莞分别具备自身的优势以及不足之处，有利有弊，只有根据公司的实际情况进行比较，才能得出最合适的结论。

首先，从政策上来说，深圳和东莞都是中国改革开放的示范城市，拥有多项政策优惠，给企业注册带来了很大的便利，其中深圳政府更是推出了“深港共融”政策，帮助企业在深圳发展，使其拥有更多的发展机遇。

其次，从交通方面来看，深圳和东莞都位于珠三角地区，交通运输非常便利，深圳有深港高速公路、深圳湾跨海大桥以及广深港高铁，可以快速高效的连接深圳和东莞，企业可以节省更多的成本，使企业更容易实现全国范围内的发展。

最后，从资源供应和人力环境来看，深圳和东莞也都有自己的优势，深圳是华南地区的经济中心，拥有众多的国际金融、贸易和投资机构，而东莞则是广东省的经济重镇，拥有丰富的劳动力，也是全国最繁荣的制造业中心，为企业提供了更多的发展机遇。

综上，深圳和东莞都是企业发展的不错选择，但最终选择要看公司实际情况，比如公司所处行业、发展规模、发展战略等，以及政策情况、交通条件、资源供应等，全面分析这些因素，才能决定最佳的公司注册地。

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